El 5 de julio de 1941 el ejército peruano abrió fuego sobre las débiles guarniciones ecuatorianas, los ataques se llevaron a cabo en la provincia de El Oro, y luego a lo largo de toda la frontera, desde 1922 el Perú había tomado posesión efectiva de casi toda la región oriental.
La escuadra peruana intentó bloquear el golfo de Guayaquil para impedir el abastecimiento militar e intentar la toma de la ciudad. Ante esta situación, la Armada se preparó para la defensa y se cubrió de gloria en el Combate Naval de Jambelí.
Tras largas conversaciones y varias treguas, se logró «a medias» el definitivo cese de hostilidades, pero el territorio permanecía invadido por tropas enemigas que nunca pudieron vencer a los soldados ecuatorianos. Con la patria invadida, el Ecuador asistió a la Conferencia de Cancilleres de 1942 en la ciudad de Río de Janeiro, llevando ante este organismo internacional nuestro sangrante problema territorial.
Mientras los delegados ecuatorianos defendían con sólidos argumentos jurídicos e históricos el honor y los derechos territoriales de nuestro país, en Quito, el 24 de enero, el Crnel. Guerrero presentó al presidente de la República la renuncia irrevocable a su cargo de ministro de Defensa Nacional.
La delegación ecuatoriana defendió brillantemente y por todos los medios legales los derechos territoriales de nuestra patria. El 29 de enero de 1942, en el Palacio deYtamarati el Ecuador fue obligado a firmar el criminal Protocolo de Río de Janeiro. En marzo de 1943 el Perú aún mantenía la invasión, la que sólo fue detenida por las condiciones del Protocolo y al poner fin al conflicto devolvió al Ecuador la provincia de El Oro.
El Protocolo de Río de Janeiro sirvió de bandera política y caballo de batalla para muchos politiqueros que desataron una ola de odio en contra de una de las más grandes personalidades del Ecuador.