Se remonta a 1862, cuando el Concejo Cantonal, resolvió establecer en Guayaquil una Junta de Beneficencia. Cumplidos los requisitos pertinentes, el 24 de agosto del mismo año, en la Casa Municipal se realizó la asamblea constitutiva. Lamentablemente por razones de índole político, esta aspiración guayaquileña no pudo concretarse. Mediante ordenanza municipal de 1887, se creó la Junta de Beneficencia Municipal de Guayaquil, que nació gracias a un grupo de guayaquileños, amantes del progreso y desarrollo social.
Sus primeros presidentes fueron los señores Eduardo Arosemena Merino, donde dotó de sus primeros servicios: Hospital, Manicomio, Asilo de Ancianos y Cementerio; y don José María Sáenz, consolidó sus finanzas e instruyó la lotería, cuyo primer sorteo se realizó el 21 de noviembre de 1894.Fue así como la Junta asumió la responsabilidad de administrar el Hospital General (Luis Vernaza), el Manicomio Vélez (Lorenzo Ponce) y el Cementerio General. Posteriormente dejó de ser Municipal, convirtiéndose en corporación privada y empezó a fortificarse con importantes donaciones para levantar nuevos centros de salud y para mejorar los existentes.
La Junta de Beneficencia aún recibe importantes donativos por parte de la generosa filantropía guayaquileña, tiene además los sorteos ordinarios y extraordinarios de la Lotería, Lotto y el Pozo Millonario, además el Estado le asigna una partida que cubre el 3% de los gastos.