Nació el 25 de junio de 1842, en Montecristi.
Recibió su instrucción primaria en su ciudad natal, después de culminar su educación se dedicó a ayudar a su padre en los negocios comerciales. En su juventud fruto de una relación amorosa tuvo un hijo ilegítimo llamado Rafael. Eloy Alfaro cursó sus estudios en su lugar de nacimiento y fue criado bajo la ideología del liberalismo radical. Poe este motivo, cuando Gabriel García Moreno, que era el presidente de Ecuador y quiso instaurar la monarquía francesa en la República del Ecuador, Eloy se unió al movimiento social fallido que se ejecutó contra García.
Alfaro tuvo que huir hacia Panamá después de haber participado en varios movimientos, estando allí pudo hacer algunos negocios que le proporcionaron una buena riqueza. Tiempo más tarde con 30 años aproximadamente, contrajo matrimonio con la hija de uno de los hombres más distinguidos en la región de Istmo, Ana Paredes y Arosemena con quien tuvo nueve hijos. Se dice que Eloy amaba con mucha devoción a su esposa y le fue fiel todos los años de su vida. Era una mujer de mucha tenacidad que lo ayudó a cumplir todas sus metas como político.
En 1875 cuando Gabriel García Moreno, Eloy tomo rumbo de vuelta al Ecuador, donde se unió a Ignacio de Veintimilla para luchar contra el nuevo gobierno de Antonio Borrero y gracias a eso obtuvo el cargo de Coronel del ejército. Sin embargo, después de meses se alzó contra Veintimilla cuando el gobierno de éste no fue exitoso. Tras mucho tiempo de preparación, el ejército de Alfaro en conjunto con otras tropas lograron derrotar al ejército de Veintimilla en el año 1883.
En 1895 se dio “La venta de la bandera”, una revuelta de gran importancia en la carrera política de Eloy Alfaro, debido a qué pudo impulsar su causa y aprovechó el movimiento social de carácter agresivo para empezar a hacer amistades importantes. Meses después en la Revolución de Guayaquil, el presidente de ese entonces Luis Cordero, no tuvo más opción que renunciar, dejando como único aspirante a Eloy Alfaro.
De esta manera, Eloy Alfaro fue presidente del Ecuador en dos periodos, la primera presidencia 1897-1901 y la segunda presidencia 1906-1911. Durante su Gobierno impulsó grandes cambios en Ecuador como: La abolición de la dictadura y la instauración de la independencia, eliminó la pena de muerte, permitió que la teología se enseñara y formara parte del sistema educativo, mostró su apoyo al partido feminista, El ferrocarril de Quito, instaló tuberías para llevar agua potable a todo el país, realizó mejoras en ejercito, entre otras cosas.
La muerte de Eloy Alfaro, es conocida en la historia como ”La Hoguera Bárbara” sucedió el 28 de enero de 1912, varias personas lo arrastraron y asesinaron junto a él murieron su hermano Medardo, su sobrino Flavio, el periodista Luciano Coral y los militares Manuel Serrano Renda y Ulpiano Páez, sus cuerpos fueron llevados hasta el parque El Ejido, donde fueron incinerados.